第1日目から第5日目にかけては、分子の大きさの差異を分離モードとするゲル濾過クロマトグラフィーについて学ぶ。自分の手でゲル濾過用担体をカラムに充填し、各種溶質の溶出挙動ならびに分離挙動を調べる。まず、色素（ビタミンB12やブルーデキストラン）を試料として、溶出ピーク位置やピーク幅（分散）に対する流速などの影響を調べ、その結果を理論的に考察する。次いで、分子量の異なるタンパク質およびそれらの混合物を試料として、同じカラムで溶出を行い、分離効率について考察する。この際、タンパク質の定量法や電気泳動（SDS-PAGE）についても体験的に学ぶ。

第6日目から第10日目にかけては、逆相クロマトグラフィーについて学ぶ。タンパク質にプロテアーゼを作用させて得たペプチド混合物を、高圧グラジエントHPLCシステムを用いて分離する。流速やグラジエントの設定法を学ぶとともに、その設定値によって分離状況がどのように変化するかを調べる。さらに、ペプチドが各種の固体表面に吸着する様子を実験的に確認する。